Durch den Bombentreffer im Zweiten Weltkrieg, der die Kuppel einstürzen ließ, wurden auch die Grüfte und der gesamte Bodenbereich unter der Kuppel zerstört. Bei den Aufräumarbeiten fand man Fundamente und Mauerreste der Vorgängerbauten des barocken Doms und entschloss sich, eine Betondecke einzuziehen und damit eine begehbare Krypta zu schaffen.
Der Hauptzweck der Krypta besteht darin, Ort für die Begräbnisstätten der verstorbenen Salzburger Erzbischöfe zu sein. Seit 1619 – in diesem Jahr starb Fürsterzbischof Marcus Sitticus von Hohenems, der den Grundstein für den Dom legte – sind mit wenigen Ausnahmen alle verstorbenen Salzburger (Fürst-) Erzbischöfe in der Krypta bzw. in den davor vorhanden gewesenen Grüften bestattet worden.
Die Krypta ist in verschiedene Räume unterteilt. Einer wurde als Kapelle eingerichtet, in der Gottesdienste gefeiert werden können. In den 1990er-Jahren wurde der Stiegenabgang in die Unterkirche an den jetzigen Ort verlegt. Dadurch ergab sich die Möglichkeit, eine sogenannte „Anbetungskapelle“ zu schaffen, in der das Allerheiligste Altarsakrament angebetet werden kann.
Die Konradinische Krypta
Bei Grabungsarbeiten am Residenzplatz in den Jahren 1956-1958 wurde die Chorkrypta des 1598 abgebrochenen spätromanischen Doms freigelegt. Sie geriet über die Jahre in Vergessenheit. Überlegungen, die Krypta des Vorgängerdomes mit der des Jetzigen zu verbinden, wurden dennoch schon lange gehegt. Im Jahre 2009 wurden die beiden Krypten dann mit einem Verbindungsgang durch das Außenfundament des barocken Doms zusammengeschlossen.
Die Domkrypta ist Montag bis Samstag von 10:00 bis 17:00 Uhr und an Sonn- und kirchlichen Feiertagen von 13:00 bis 17:00 Uhr für Besucherinnen und Besucher geöffnet.
Während der Gottesdienste und Konzerte im Dom ist die Krypta geschlossen, weiters kann aus organisatorischen oder technischen Gründen die Krypta ohne Vorankündigung geschlossen bleiben.
